統計解析ソフトＲのデータをTriSPに送り、３次元散布図を描画する関数を作成しました。
７月６日追記 ： Version2.0以前はこちらを利用して下さい。
plot.trisp <- function(x,y,z,color=NULL,handling.window=FALSE) {
if (length(x) != length(y)) {
stop("xとyのデータ数が一致しません")
}
if (length(x) != length(z)) {
stop("xとzのデータ数が一致しません")
}
sample.size <- length(x)
if (is.null(color)) {
color <- rep(1,sample.size)
}
else {
if(length(x) != length(color)) {
stop("xとcolorのデータ数が一致しません")
}
color.matrix <- matrix(rep(color,10),nrow=10,byrow=T)
match.up.matrix <- matrix(rep(1:10,sample.size),ncol=sample.size)
if (sum(color.matrix==match.up.matrix) != sample.size) {
stop("カラーは１から１０の整数で指定してください")
}
}
return.data <- cbind(x,y,z,color)
colnames(return.data) <- paste("Col",1:4, sep="-")
write.csv(return.data,file="C:/hogehoge/analyzed_data.csv",row.names=FALSE)
if (handling.window==TRUE) {
shell(paste('"C:/hogehoge/trisp-2.1.exe"'), wait = FALSE)
}
else {
shell(paste('"C:/hogehoge/trisp-2.1.exe"','1'), wait = FALSE)
}
}
９月１６日追記 ： 改良版をつくりました。version2.1以降はこちらをご利用ください。
plot.trisp <- function(x,y,z,color=NULL,label=NULL,gradation=FALSE,template=NULL,handling.window=FALSE) {
if (length(x) != length(y)) {
stop("xとyのデータ数が一致しません")
}
if (length(x) != length(z)) {
stop("xとzのデータ数が一致しません")
}
sample.size <- length(x)
if (is.null(color)) {
color <- rep(1,sample.size)
}
if(length(x) != length(color)) {
stop("xとcolorのデータ数が一致しません")
}
return.data <- cbind(x,y,z,color)
if (is.null(label) == TRUE) {
colnames(return.data) <- paste("Col",1:4, sep="-")
}
else {
if (length(label) == 3) {
colnames(return.data) <- c(label,"Color")
}
if (length(label) == 4) {
colnames(return.data) <- label
}
}
active.number <- 1
if (handling.window == FALSE) {
active.number <- active.number + 2
}
if (gradation == TRUE) {
active.number <- active.number + 4
}
if (is.null(template) != TRUE) {
if (template == 1) {
active.number <- active.number + 8
}
if (template == 2) {
active.number <- active.number + 16
}
if (template == 3) {
active.number <- active.number + 32
}
}
write.csv(return.data,file="C:/hogehoge/analyzed_data.csv",row.names=FALSE,quote=F)
shell(paste('"C:/hogehoge/trisp-2.1.exe"',active.number), wait = FALSE)
}
◆使い方
上のプログラムをコピーしてメモ帳などのテキストファイルなどにコピーしてください。
その後、プログラムの赤い部分を自分のパソコンのTriSPが入ってる場所に変更してください。
変更が終わったら、プログラムをＲに読み込ませれば準備完了です。
その際、注意としてはWindowsではC:\Program Filesといったように\が使われていますが、
Ｒでは代わりに/が使われていますので気をつけましょう。
例 ： Trisp-2.1.exeがC:\Users\Acre\Documentsというフォルダ内にあるのなら。
赤い部分はC:/Users/Acre/documents/となります。
◆パラメータ説明
x : x軸のデータ
y : y軸のデータ
z : z軸のデータ
color : 色指定のデータ、１から１０の整数を入れてください。
何も指定しない場合はすべて１となり全てのサンプルが赤色でプロットされます。
１から１０の整数以外を入れた場合は、起動時にグラデーションモードにするか
きいてきます。
label : パラメータ名です。何も入れない場合はx軸から、col-1,col-2,col-3と名前がつきます。
gradation ： TRUEの場合、グラデーションを行いプロットします。
template : あらかじめ作成しておいた設定のテンプレート（表示色やプロットの大きさ）を
読み込むことができます。テンプレートは起動後も読み込むことができます。
handling.window : TRUEの場合、操作ウィンドウを表示します。デフォルトは非表示です。
以下に関数の仕組みを書いておきます。独自でプログラムを行う際の参考にお使いください。
①write.csv関数でtrispが入ってるフォルダにanalyzed_data.csvというファイルを作成する。
②次に、TriSPにあたえる引数を決定します。
＋１ : Ｒから起動する。
＋２ : 操作ウィンドウを表示しない。
＋４ : グラデーションを行う。
＋８ : テンプレート１を読み込む。
＋１６ : テンプレート２を読み込む。
＋３２ : テンプレート３を読み込む。
例 ： Ｒから起動し、操作ウィンドウを表示し、グラデーションを行い、テンプレート２を読み込む場合、
１＋４＋１６＝２１を引数とすればよい。
③shell関数によりコマンドプロンプトを経由し、TriSPを起動する。
④この時、TriSPは引数1で起動した場合、自動的にanalyzed_data.csvファイルを読み込み表示します。
さらにその際、操作ウィンドウを表示せず、3D viewerのみの表示となっていますので場所もとりません。
関数はまだまだ改良中で、不備なところがあります。
バグやこうした方がいいよという改善案がありましたら是非ご連絡ください。
公開日 ： ７月２日
追記 ： ９月１６日